PyMOL 的安装、球棍模型设置与图片输出

XiaO / 2020-05-13

用 Homebrew 在 MacOS Catalina 下安装开源版 PyMol

为安装 PyMol 添加一些依赖程序

brew install Caskroom/cask/xquartz
brew install tcl-tk
brew install python3

安装 PyMol (Homebrew version 2.3)

brew install brewsci/bio/pymol

安装 PyMol (源码本地编译 version 2.4)

＃ 如果您使用的是较旧版本的 pymol，请先使用 brew uninstall pymol 卸载它
brew uninstall

brew install wget
brew tap brewsci/bio
cd ~/Desktop

＃下载 pymol 2.4 配方
wget https://raw.githubusercontent.com/YoshitakaMo/homebrew-bio/develop/Formula/pymol.rb

brew install --build-from-source ~/Desktop/pymol.rb

启动 pymol

pymol

添加图形界面

* Step 1: Open the `Automator` app. Create a new document and select "Application";
* Step 2: Left under "Actions Library" select "Utilities" and "Run Shell Script";
* Step 3: Choose "/bin/bash" as a shell;
* Step 4: Paste the following: `/usr/local/bin/pymol -M`. Change the path to pymol (`which pymol`) if necessary;
* Step 5: Save the application ("File > Save") to the Desktop and name it "pymol".

更加方便的是，直接创建 右键快捷动作 打开分子

步骤 1：打开 Automator 软件，⌘ + N 新建文件，选择 Quick Action；
步骤 2：左侧动作库中选择 Run Shell Script，拖拽到右侧工作流中；
步骤 3：设置动作：
- 接收来自文件夹的数据，并作为 shell 的传入数据；
- Shell 中填入：/usr/local/bin/pymol "$@"
步骤 4：保存为 pymol；
使用：右键点击需要打开的分子文件，选择服务，选择 pymol；
快捷动作在系统里的存储位置为~/Library/Services/。
PyMol 中文版入门教程
PyMol 官方使用说明

PyMol 透明背景设置以及球棍模型

设置透明背景

set ray_opaque_background, off

是否显示球棍模型

set stick_radius,0.15
set sphere_scale,0.2

是否显示双键

set valence, 0 # off
set valence, 1 # on

双键显示模式

set valence_mode, 0 # centered
set valence_mode, 1 # inside

设置双键的间距

set valence_size, 0.1 # default: 0.06 # range 0 - ~0.5

最终统一设置如下

set ray_opaque_background, off
set valence, 1
set valence_mode, 0
set valence_size, 0.1
set stick_radius,0.15
set sphere_scale,0.2

高分辨率图片输出

png filename[, width[, height[, dpi[, ray[, quiet]]]]]

例如，保存图片为 test.png 到 ~/Library/Mobile Documents/com~apple~CloudDocs/Science/DSDS/Molecular 3D Structures/ 文件夹，设置宽度为 10 in，分辨率为 600 dpi。

png ~/Library/Mobile Documents/com~apple~CloudDocs/Science/DSDS/Molecular 3D Structures/test.png, width=10 in, dpi=600, ray=1

ray 576,576   # 8inch * 72 dpi;
ray 800,800   # 8inch * 100 dpi;
ray 2400,2400 # 8inch * 300 dpi;

Mac 下，用 Pymol 创建质量或者几何中心：

下载 Center of Mass 脚本；
把 center_of_mass.py 脚本拖拽到 pymol 安装文件夹下的 Lib 子文件夹中:
- For Mac users，in your Applicaiton folder，find MacPyMOL.app;
- Show Content;
- Put the center_of_mass.py file under the following path:
/pymol/modules/pymol/center_of_mass.py;
Input import center_of_mass and return;
select the relevant atoms, and input com sele,state=1;
Change the color, name of the object.

图片中 label 的设置：

设置 label 字体大小：set label_size, n （n 为任一数字）
设置 label 字体：set label_font, n （n 为任一数字）

set label_font, 8
set label_shadow_mode, 0
set label_size, 20

set label_color, color-name, selection
set label_color, black

制作动画：

mset 1, 180
util.mroll 1, 180, 1
set ray_trace_frames, 1
set cache_frames, 0

用 Homebrew 在 MacOS Catalina 下 安装开源版 PyMol