分子动力学
XiaO / 2020-06-05
分子动力学（Molecular dynamics）
分子动力学是依靠计算机来模拟分子、原子体系运动的多体模拟方法。通过对分子、原子在一定时间内运动状态的模拟，以动态的观点考察系统随时间的演化行为。
macOS 安装 Gromacs
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macOS 安装 NAMD
- 于 NAMD 官网 下载 NAMD 相应版本，解压缩至根目录
~/下； - 将解压文件夹下的可执行文件 namd2 的路径加入到 terminal 的配置文件中（zsh 即加入到
~/.zshrc文件中，并用namd代替namd2）： - 于 terminal 中输入
namd即可运行软件；
alias namd='~/NAMD_2.14b1_MacOSX-x86_64-multicore/namd2' # NAMD_2.14b1_MacOSX-x86_64-multicore 为上述解压所得的文件夹的名字