用 R 进行绘图、写作与网站
XiaO / 2020-06-07
安装 R,RStudio 与 pandoc
brew install r
brew install --cask rstudio # 稳定版
brew install --cask rstudio-preview # 预览版
brew install --cask rstudio-daily # 日更版
本机安装的 rstudio 版本为 [2021.09.0,351](https://dailies.rstudio.com/version/2021.09.0+351.pro6/)
brew install pandoc
https://cran.r-project.org/src/base/R-4/ # R 4.0 语言安装包(可查看到不同的版本号以及源码)
R-4.0.0.tar.gz 2020-04-24 09:05 32M
[ ] R-4.0.1.tar.gz 2020-06-06 09:05 32M
[ ] R-4.0.2.tar.gz 2020-06-22 09:05 32M
[ ] R-4.0.3.tar.gz 2020-10-10 09:05 32M
[ ] R-4.0.4.tar.gz 2021-02-15 09:05 32M
[ ] R-4.0.5.tar.gz 2021-03-31 09:05 31M
[ ] R-4.1.0.tar.gz 2021-05-18 09:05 32M
[ ] R-4.1.1.tar.gz 2021-08-10 09:05 32M
[ ] R-4.1.2.tar.gz 2021-11-01 09:05 32M
[ ] R-4.1.3.tar.gz 2022-03-10 09:05 33M
[ ] R-4.2.0.tar.gz 2022-04-22 09:05 36M
brew install --build-from-source r
https://hackage.haskell.org/package/pandoc # Pandoc 安装包(可查看到不同的版本号以及源码)
https://github.com/jgm/pandoc/tags
设置 Sublime Text 为 Terminal 默认编辑器
在 ~/.zshrc
配置文件中添加如下一条语句即可,即将 Sublime Text 的命令行快捷方式添加到 PATH 中。
# Adding Sublime Text as the default efitor for Terminal, 似乎不同版本或安装方式的配置会不同
export EDITOR='subl -w' # brew --cask 版本可正常打开。
export PATH=$PATH:/Applications/Sublime\ Text.app/Contents/SharedSupport/bin
pandoc 的引文格式。
Pandoc 默认管理引文的方法是使用 pandoc-citeproc
。该工具依据 Citation Style Language (CSL) 规范管理文献,其中各个杂志的引文格式,可从 Zotero Style Repository 下载。
Terminal 中启动 R 后提示
During startup - Warning messages:
1: Setting LC_COLLATE failed, using "C"
2: Setting LC_TIME failed, using "C"
3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
4: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
add the codes to shell config file
export LANG=en_GB.UTF-8
export LC_ALL=en_GB.UTF-8
自定义 R 包的安装位置 说明之 一 二 三
查看 R 包的安装位置:
.libPaths()
R 在启动时会自动加载的其配置文件,可通过修改该配置文件来修改包的默认安装位置,比如我们将其安装到 ~/Rpackages
。
homebrew 安装的 R 的位置为 /usr/local/Cellar/
,其配置文件的位置 /usr/local/Cellar/r/4.0.0_1/lib/R/library/base/R/Rprofile
(注意版本号的不同)。
更新 R 以后,可以找到该文件,把上述包的位置重新写入即可,不必重新下载安装所有包,省事不少。
# Rprofile.site
.libPaths( c( "~/Rpackages", .libPaths()))
为进一步简化配置,可以添加 ~/.Rprofile
文件,该文件为 R 全局配置文件,每次启动将自动加载该文件。
# Rprofile.site
.libPaths(c("~/Rpackages", .libPaths()))
还可在每个 R 项目中 *.Rproj
所在位置添加单独的项目级 .Rprofile
文件,为每个项目单独添加相应的启动项,譬如:
if (file.exists("~/.Rprofile")) {
base::sys.source("~/.Rprofile", envir = environment())
}
# Load library
library(viridis, quietly=TRUE, warn.conflicts=FALSE)
library(cowplot)
library(stats)
library(tidyverse)
安装 R 包
启动 RStudio,安装 R 包。
install.packages(c("tidyverse","svglite")) # 用 R 画图
install.packages(c("blogdown", "rmarkdown","bookdown", "tinytex","rticles","kableExtra")) # 生成网站或论文
包 rbbt 版本更新比 R 慢,导致其和 R 有匹配问题。如果使用 rbbt,可能需要安装较旧版本的 r。
利用 tinytex 包来安装 LaTeX 发行版 TinyTeX
tinytex::install_tinytex()
tinytex::install_tinytex()
Error in curlGetHeaders("https://mirror.ctan.org/systems/texlive/tlnet") :
libcurl error code 60:
SSL certificate problem: certificate has expired
tinytex::install_tinytex(repository = "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/", version = "latest")
trying URL 'https://github.com/rstudio/tinytex-releases/releases/download/v2022.05/TinyTeX-1-v2022.05.tgz'
Content type 'application/octet-stream' length 88404844 bytes (84.3 MB)
==================================================
downloaded 84.3 MB
tlmgr option repository 'http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet'
tlmgr: setting default package repository to http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet
tlmgr: updating ~/Library/TinyTeX/tlpkg/texlive.tlpdb
tlmgr update --list
tlmgr: package repository http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (not verified: gpg unavailable)
update: babel [186k]: local: 63189, source: 63498
update: fancyvrb [12k]: local: 63012, source: 63496
update: fontspec [27k]: local: 61617, source: 63386
update: hyperref [89k]: local: 62142, source: 63323
update: l3kernel [169k]: local: 63177, source: 63476
update: l3packages [22k]: local: 61588, source: 63505
update: latex-amsmath-dev [31k]: local: 62725, source: 63339
update: latex-tools-dev [43k]: local: 62725, source: 63339
update: texlive-scripts [108k]: local: 63172, source: 63503
安装 hugo v0.85.0 (静态博客生成器)
新版 hugo v0.89.4 与 blogdown 的 Addins 有冲突,在使用 blogdown:::new_post_addin()
时,无法生成并打开新的文件。
brew install hugo
Warning: Error in file: cannot open the connection
9: shiny::runApp
8: shiny::runGadget
7: eval
6: eval
5: sys.source
2: source_addin
1: blogdown:::new_post_addin
brew edit hugo
# 改变版本地址 url
url "https://github.com/gohugoio/hugo/archive/v0.89.4.tar.gz" -> url "https://github.com/gohugoio/hugo/archive/v0.85.0.tar.gz"
# 去除 fomular 中的 SHA 值验证
sha256 "9d4f61788f8d886913a1be15b3eae04fad04a4e243bd7f65c5e7367bd617856d" -> sha256 :no_check
# 或者直接将 SHA 值验证注释掉
# sha256 "9d4f61788f8d886913a1be15b3eae04fad04a4e243bd7f65c5e7367bd617856d"
brew install --build-from-source hugo
brew pin hugo # To stop updating a particular package
brew unpin hugo # To Unpin a package