Zotero 文献管理

XiaO / 2021-12-26

想来甚是神奇，自己居然能这样子走到今天，我指的是我的文献管理。与其说是管理，不如说是放任不管。一则，文献资料与日俱增，多如牛毛，浩如烟海，譬如论文，譬如网页；二来，一直没有一个好的对其归类存储且便于查找的方式。为了解决长时间累积文献而忘记的问题，一直以来都采用短时间内集中阅读写稿的模式。然而，这也常让自己有种劫后余生的感觉。故而，有时候会自嘲，自己患上了懒癌。但我也清楚，无非是没找到一件利器。

Zotero

免费开源；
丰富的插件提供诸多功能，譬如文献信息与文献附件可分开关联存储、标记、书签、笔记导出、文献附件自动下载、可多设备同步文献附件满足不同场景阅读等。

brew install --cask zotero

Zotero 插件

Better BibTeX for Zotero：在 LaTeX / (R)Markdown 写作时：
- 设置具有可读性的 Citation Key format: auth.lower +'_'+ shorttitle(1,1).lower + '_'+year。设置完毕后，记得更新 citation key，以便在下次插入引用时候生效。否则，插入的 citation key 依旧会显示为原来的样子。
- Pin BibTex Key: 生成引文 Key 后，将其固定，数据有更新后，key 也不会发生变化；
- 手动导出 .bib 引文数据，并插入 RMarkdown 的 YAML Header 部分使用；
```
---
title: 'Zotero 文献管理'
author: 'XiaO'
date: '2021-12-26'

## A bib file which is generated by Zotero
bibliography: ref.bib
---
```
Zotero DOI Manager: 检索和验证文献的 DOI；
Zotero Scihub: 自动从 sci-hub 下载文献附件；
Zotero Citation Counts Manager: 自动获取不同来源的引文数据；
ZotFile: 附件管理神器：
- 自动将 所监测的文件夹 中新增的文献附件重命名并添加到所设置的 文献附件存储文件夹 中；
- 根据 Zotero 元数据批量重命名和移动文献附件到 文献附件存储文件夹 中；
- 提取 pdf 注释；
- 个人将 文献附件存储文件夹 设置于某个同步网盘中，然后在其它设备上通过 webDAV 与网盘交互，如此即可在其它场景下阅读文献附件，所添加的注释则一并同步到 Zotero 条目中；
scite-zotero: 查看文献收到的支持或争议性引文数量；
Zutilo Utility for Zotero: 提供额外的编辑功能；

R 包

bibliometrix，使用 bibliometrix 将从 wos 下载的 bib 数据中的 DOI 提取出来。

if(require(bibliometrix)) {
  M <- convert2df(file = "path/to/data/.../.bib", dbsource = "isi", format = "bibtex")
  }

if(require(tidyverse)) {
  DOI <- 
  as.data.frame(M$DI) %>% 
  rename(dois = "M$DI") %>% 
  drop_na() %>% 
  mutate(dois =  paste("https://sci.bban.top/pdf/", dois, ".pdf", sep=""))
  
  write.csv(DOI, file = "path/to/data/.../dois.csv")
  }

rbbt

# 安装 rbbt 包
remotes::install_github("paleolimbot/rbbt")

# 在 RStudio 顶端 Tools 菜单中，选择 Modify Keyboard Shortcuts，添加引文插入快捷键

# 将如下代码插入 knitr 初始化设置部分，以 bib 格式自动导出当前文档中的引文数据
# 注意须更改文件路径
# Collect cited reference from current RMarkdown file into references.bib file
rbbt::bbt_write_bib("path/to/ref.bib",
                    rbbt::bbt_detect_citations("ms.Rmd"), 
                    overwrite = TRUE)

OCRmyPDF

OCRmyPDF 可为 pdf 扫描件添加可读取层。

brew install ocrmypdf

ocrmypdf -l eng+chi_sim --force-ocr  input.pdf output.pdf